w-M2Align: una herramienta web para el alineamiento múltiple de secuencias basada en información estructural de las proteínas

Resumen

Este artículo presenta w-M2Align, una herramienta web fácil e intuitiva de usar para el alineamiento múltiple de secuencias de proteínas basada en la metaheurística multiobjetivo M2Align, cuyo criterio de calidad a optimizar son: STRIKE, basado en la información estructural de las proteínas, el Número de Columnas Totalmente Alineadas y el Porcentaje de Non-Gaps, los cuales están basados en la conservación de la estructura de las secuencias. El formato de las secuencias biológicas sin alinear es compatible con el formato FASTA y la información estructural de las proteínas puede ser obtenida automáticamente desde el sitio web del Protein Data Bank (PDB) o proporcionada por el usuario. Todos los cálculos se llevan a cabo en un clúster de computadora dedicado y los usuarios reciben los resultados a través de URL o correo electrónico. La plataforma permite descargar los ficheros con los resultados finales (Aproximaciones al Frente de Pareto y el conjunto de alineamientos generados en formato FASTA). El software W-M2Align está disponible en la dirección web http://revistas.uteq.edu.ec/m2align/, de forma gratuita y no requiere de inicio de sesión para su uso.

Palabras clave:

Alineamiento Múltiple de Secuencias, Bioinformática, Optimización Multi-Objetivo, Herramienta Web BioInformática.

ABSTRACT

This article presents w-M2Align, an easy and intuitive web-server tool for Protein Multiple Sequence Alignment based on the multiobjective metaheuristic M2Align, which aims to jointly optimize three accuracy metrics: STRIKE score, based on the structural information of the proteins, the Number of Totally Aligned Columns and the Percentage of Non-Gaps, based on the conservation of the structure of the sequences. The format of the biological sequences is compatible with the FASTA format and the structural information of the proteins can be provided by user or obtained automatically from the website of the Protein Data Bank (PDB) or. All computations are carried out in a dedicated computer cluster and users receive the results via URL or email. The platform allows downloading the files with the final results (Approximations to the Pareto Front and the set of alignments generated in FASTA format). The w-M2Align software is available at the web address http://revistas.uteq.edu.ec/m2align/, free of charge and does not require login for its use.

Keywords:

Multiple Sequence Alignment, Bioinformatics, Multi-Objective Optimization, BioInformatic Web-Tool.